Historia

Prólogo - Bienvenido a la Desesperación

Makoto es visto por primera vez en frente del edificio de la Academia Pico de la Esperanza. Cuando da el primer paso en la entrada de la escuela para comenzar su nueva vida, su visión se distorsiona y pierde el conocimiento. Al despertar, termina en un aula vacía. Makoto comienza a inspeccionar el aula, descubriendo que todas las ventanas de la habitación están bloqueadas y atornilladas con placas de hierro. Luego encuentra una carta escrita con crayones y que se titula "Información de Orientación" sobre un escritorio.

Después de eso, Makoto sale a explorar toda la Academia, y pronto descubre que no está solo como él creía: un grupo de otros estudiantes estaban encerrados dentro de la academia junto a él, y cada uno tenía una historia con una cosa en común: todos despertaron en un salón de clases tras perder la consciencia cuando dieron un paso dentro de la escuela. Sin más opciones, Makoto se une al grupo de estudiantes presentes mientras se reúnen con Monokuma, quien le da a los estudiantes una dura opción: vivir en la academia para siempre, o matar a uno de los estudiantes sin ser descubierto para poder "graduarse".

Capítulo 1: Mata rápido y muere joven

Makoto y los demás se quedan pensando sobre lo que acaba de decir Monokuma. Kyoko Kirigiri rompe el silencio diciendo que seguramente existe otra solución, calmando a Makoto. Al ver la discusión entre Mondo Owada y Byakuya Togami, Makoto interviene para tratar de calmar a Owada, pero éste le da un golpe que lo deja inconsciente.

Makoto despierta y descubre que se encuentra en su habitación. Al salir se encuentra con Sayaka Maizono, y juntos se dirigen a la cafetería. En la cafetería se está celebrando una reunión, en la cual se está decidiendo qué hacer para intentar salir de ese lugar. Durante esta reunión, Monokuma aparece de la nada y les dice que ha preparado un "regalo" para ellos. El "regalo" termina siendo un DVD que contiene un incentivo personalizado para cada espectador: el DVD de Makoto es de sus padres y hermana estando en casa sonriéndole a la cámara mientras le desean buena suerte, y de repente se corta a una escena de la habitación destruida y sin la presencia de su familia. Sayaka termina siendo la que peor reacciona de todos los estudiantes y huye de la sala en pánico. Makoto la persigue y logra ser capaz de calmarla prometiéndole mantenerla a salvo.

Desafortunadamente para Makoto, su promesa de proteger a Sayaka es rota a la mañana siguiente. Ambos intercambian de habitación por la noche porque Sayaka creía que estaría más segura, pero cuando Makoto despierta y va a ver cómo está, encuentra el cadáver de Sayaka en la ducha. La evidencia circunstancial termina haciendo que Makoto sea visto como el principal sospechoso de ser el asesino.En el frenético intento de Makoto de limpiar su nombre y demostrar su inocencia, él participa en varios debates y recolecta evidencia, eventualmente llegando a mostrar pruebas decisivas que indicaban que Leon Kuwata fue quien probablemente mató a Sayaka.Luego de que Makoto consiguiera llegar a la más lógica conclusión sobre el asesinato, tuvo un breve pero intenso debate con Leon, quien fue evidentemente descubierto como el culpable de la muerte de Sayaka y el nombre de Makoto fue finalmente limpiado del asesinato. Al parecer, Sayaka quería inculpar a Makoto y para ello tenía pensado matar a Leon, pero éste se defendió y terminó matándola. Sin embargo, en un último momento, Sayaka escribió un mensaje en la pared con su propia sangre: "11037", al cual si se le daba un giro de 180 grados, se obtenía el nombre del culpable: LEON. Antes de que cualquiera tuviese la oportunidad de profundizar en el tema, Leon fue llevado a su ejecución por Monokuma.Luego de observar la brutal ejecución de Leon, Makoto furiosamente culpa a Monokuma de las muertes de Sayaka y Leon. Su arranque emocional fue, sin embargo, interrumpido por Kyoko, después de lo cual Makoto permaneció tenso y en silencio.

Más tarde, Makoto descubre de parte de Kyoko que el motivo que llevó a Sayaka a escribir el nombre del culpable en la pared podía haber sido posiblemente para protegerlo, y que quizás en el último momento se había arrepentido de haber intentado inculparle. Naegi respondió que él iba a cargar con el peso de las muertes de Sayaka y Leon mientras seguía adelante con su vida, para que así sus muertes jamás sean olvidadas y poder vengarlos averiguando quién es la mente maestra.

Capítulo 2: Revista Weekly Shounen de la desesperación

Desde la muerte de Sayaka y Kuwata, Makoto decide buscar pistas para salir de la Academia junto con los demás. Sin embargo, Monokuma da un nuevo incentivo a los estudiantes: los secretos más vergonzosos y profundos de todos los estudiantes. En poco tiempo, la nueva víctima de asesinato termina siendo Chihiro Fujisaki, a quien habían colgado en forma de crucifixión en el vestuario de las chicas con una cuerda, y cerca de su cadáver había un mensaje escrito con la sangre de Fujisaki en la pared: Fiebre de Matanza (Bloodbath Fever). Con la ayuda del testimonio de Celestia Ludenberg, Makoto descubre que el culpable debía haber sido Mondo Owada, descartando a Byakuya y Genocide Jack como sospechosos.

A pesar de las súplicas de Kiyotaka Ishimaru de que Mondo era inocente, Makoto logra demostrar que Mondo es el asesino al usar el hecho de que las habitaciones del gimnasio fueron cambiadas y la pesa ensangrentada como evidencias. Él, sin embargo, no anticipó que las razones de Mondo para matar a Chihiro fueron debido a la envidia y furia que sentía sobre la fuerte determinación de Chihiro de querer deshacerse de su debilidad. Despues de la ejecución de Mondo, Makoto siente que los estudiantes empiezan a desconfiar entre ellos, ya que todos se estaban preguntando quién sería la próxima víctima de asesinato.

Capítulo 3: ¡Una leyenda de siguiente generación!

Al día siguiente, Makoto y los demás estudiantes se reúnen para escuchar el anuncio de Monokuma. Makoto se sorprende cuando Monokuma dice que el que consiga "graduarse" ganará diez billones de Yenes, y termina frustrado al darse cuenta de las intenciones que tiene el oso de intentar ponerlos uno en contra del otro. Poco después de esto, Makoto y los demás se reúnen en el baño después de escuchar a Aoi Asahina decir que había encontrado al "fantasma" de Chihiro en ese lugar.

Sin embargo, en lugar de encontrar un fantasma, Makoto y los demás descubren una IA llamada Alter Ego, que fue creada por Chihiro antes de morir y mantiene la misma apariencia que su creador. Sorprendido y animado por la sorpresa, Makoto siente un poco de esperanza por su descubrimiento y remarca cómo Chihiro les dejó un brillante legado. Sin embargo, Alter Ego desaparece poco después, causando que Makoto y los demás sospechen entre si después de que Byakuya les dice que quienquiera que robó a Alter Ego debe de ser un traidor. El grupo entonces decide ir a buscar a la IA.

La búsqueda de Alter Ego es detenida cuando se oye el grito de Celestia, quien afirma que ha sido atacada por una sospechosa figura conocida como "JustocRobo Justice". Celestia, afirmando que tiene una pista, les muestra una foto de la figura sacada con la cámara digital de Hifumi Yamada. Preocupado de que el culpable pueda lastimar a alguien más, Makoto corre a tratar de advertir a los demás sobre la nueva amenaza, sólo para encontrar a un herido Hifumi en la biblioteca, a quien deciden llevar a la enfermería. Al separarse para buscar al Robot, escuchan de nuevo el grito de Celestia en el Tercer Piso, así que todos se dirigen allí. Celestia les informa que ha visto al Robot dirigiéndose al fondo del pasillo, pero escuchan repentinamente el grito de Hifumi, por lo que deciden separarse. Makoto se dirige a la enfermería junto con Aoi y Celestia, pero al llegar se encuentran a Yamada muerto.

Rápidamente, Makoto va al tercer piso para avisar a los demás, pero allí se encuentran con el cadáver de Kiyotaka. Luego, al volver a la enfermería con los demás para mostrarles el cuerpo de Hifumi, éste había desaparecido, y al volver al Laboratorio descubren que también había desaparecido Kiyotaka. Al poco tiempo, encuentran a los dos cuerpos sin vida en el Salón de Arte.

Después de investigar por un tiempo, la Clase de Juicio comienza con acusaciones contra Yasuhiro Hagakure, quien fue el principal sospechoso. Sin embargo, Makoto logra demostrar la inocencia de Yasuhiro y demuestra que Yamada fingió su muerte y mató a Ishimaru con un martillo. Luego, demuestra que Celestia mató a Yamada y es la verdadera culpable de los asesinatos. Después de que Celestia dice sus razones para haber matado a sus compañeros, Makoto y el resto del grupo observan cómo Celestia es ejecutada.

Capítulo 4: Mil perdones

Después del tercer juicio y la ejecución de Celestia, Makoto pregunta a Kyoko hacia dónde se fue mientras estaban buscando a sus amigos desaparecidos. Kyoko le responde que descubrió una habitación secreta en el dormitorio de los hombres en el segundo piso. Sabiendo esto, Makoto se dirige hacia la habitación secreta durante el anuncio de la hora nocturna.

Makoto descubre una repisa llena de muchos archivos y anuarios antiguos que están cubiertos de polvo. Interesantemente, él encuentra un archivo conocido como "Registro de Estudiantes de la Academia Pico de la Esperanza", que es el único que no está cubierto de polvo. Cuando Makoto abre el archivo, encuentra un pedazo de papel que tiene escrito "NO DEBES DEJAR ESTE LUGAR" en él. Makoto reconoce sus palabras, pero antes de que pueda recordar, alguien que usa una mascara y una bata de laboratorio lo ataca por detrás y lo deja inconsciente.

Tras recuperar la consciencia, Makoto descubre que todos los archivos en la repisa, incluyendo el pedazo de papel, han desaparecido. Sin embargo, Makoto cree que debe descansar, así que decide volver a su habitación. Sin embargo, cuando alcanza la primera puerta, escucha ruidos en el gimnasio y descubre que los ruidos están siendo provocados por Sakura Ogami y Monokuma, quienes estaban peleando durante toda la noche, discutiendo sobre "el topo" y "rehenes". Makoto pudo sentir la tensión del enfrentamiento y supone que Sakura ha estado ocultando algo.

Más tarde se revela que Sakura es el topo del grupo que estaba trabajando para Monokuma, ya que estaba siendo chantajeada por él. Después de esta revelación, la mayoría del resto de estudiantes empiezan a entrar en una etapa de desconfianza y conflictos. Tiempo después, se descubre durante la Clase de Juicio que Sakura se suicidó para evitar más disputas entre el grupo. Su sacrificio no es en vano, ya que los demás dejan de pelear entre si y deciden cooperar para escapar juntos de la Academia.

Capítulo 5: ¿Querías dónuts? ¡Prepárate para la desesperación!

Naegi decide intentar averiguar quien está detrás de todo lo que está ocurriendo. Kirigiri le dice a Naegi que hay una estudiante escondida en la Academia: Mukuro Ikusaba.Mientras duerme, Naegi es atacado por una extraña persona enmascarada, pero gracias a Kirigiri consigue sobrevivir. Al día siguiente, la persona enmascarada aparece muerta en el último piso de la Academia, en el Jardín Botánico. Dicha persona era la decimosexta estudiante: Mukuro Ikusaba.En la Case de Juicio dedicada a la persona enmascarada, se llega a la conclusión de que Naegi es el culpable. Naegi sabe que no lo es, pero como todas las pruebas le apuntan a él, Monokuma decide ejecutarlo. En medio de la ejecución Naegi es salvado por Alter Ego, que en su último respiro hackeó el sistema. Igualmente, Naegi es tirado al Contenedor de Basura subterráneo de la Academia, pero al poco tiempo, Kirigiri vuelve a por él y los dos deciden volver al gimnasio de la Academia. Por el camino, Kirigiri revela que posee algunos recuerdos de su pasado, y que ella en realidad vino a la Academia en búsqueda de su padre, el antiguo director de la escuela.

Mientras duerme, Naegi es atacado por una extraña persona enmascarada, pero gracias a Kirigiri consigue sobrevivir. Al día siguiente, la persona enmascarada aparece muerta en el último piso de la Academia, en el Jardín Botánico. Dicha persona era la decimosexta estudiante: Mukuro Ikusaba.

En la Case de Juicio dedicada a la persona enmascarada, se llega a la conclusión de que Naegi es el culpable. Naegi sabe que no lo es, pero como todas las pruebas le apuntan a él, Monokuma decide ejecutarlo. En medio de la ejecución Naegi es salvado por Alter Ego, que en su último respiro hackeó el sistema. Igualmente, Naegi es tirado al Contenedor de Basura subterráneo de la Academia, pero al poco tiempo, Kirigiri vuelve a por él y los dos deciden volver al gimnasio de la Academia. Por el camino, Kirigiri revela que posee algunos recuerdos de su pasado, y que ella en realidad vino a la Academia en búsqueda de su padre, el antiguo director de la escuela.

Capítulo 6: El Estudiante Desafortunado Definitivo o como dejar de temer la desesperación y aceptar el final

Makoto se reúne con los otros estudiantes (quienes todavía piensan que Makoto fue el responsable de la muerte de Mukuro). Entonces aparece Monokuma, enfadado al ver que Naegi aún seguía con vida. Junto con Kirigiri, consiguen hacer que Monokuma les prometa que, si descubren lo que le ocurrió a la Academia en el pasado, todos podrán salir vivos. No obstante, solo tienen 24 horas y una vez transcurrido el período de tiempo, se realizará una Clase de Juicio. De no resolver el misterio de la Academia, serán todos ejecutados. Monokuma les permite el acceso a todas las estancias de la Academia.

A lo largo de la investigación, Kirigiri encuentra un que da a Naegi DVD en el cual aparecen todos los estudiantes, incluido él mismo. En una entrevista con Jin Kirigiri, el anterior director de la escuela, el cual les pregunta si están dispuestos a hacer todo lo que se les pida.

Durante la Clase de Juicio, descubren que todos los estudiantes de la Academia llevaban ya 2 años juntos estudiando en la academia, pero que sufrían amnesia y no recordaban nada. En pocas palabras, habían estado matando a sus propios amigos.

Finalmente se revela que, quien está detrás de todo esto, es Junko Enoshima. También se revela por qué se cometieron los asesinatos:

• Sayaka pretendía inculpar a Makoto del asesinato de Leon, ya que ella quería salir de la Academia y regresar con su grupo de Ídols. No obstante, su plan fracasó cuando Leon se defendió y acabó con la vida de ella.Cuando Monokuma decide contarle a los estudiantes que si no se comete un asesinato serán revelados todos sus secretos, Chihiro, la Super Programadora de Preparatoria, le cuenta a Mondo que en realidad es un chico que se hace pasar por chica, y que quiere revelar su secreto a los demás estudiantes. Sin embargo, Mondo, quien guardaba el secreto de haber ocasionado la muerte de su hermano en un pasado, no logra contener su ira y mata a Chihiro.
• Cuando Monokuma ofrece un nuevo "incentivo", el cual consiste en dar 1 millón de Yenes a quien se gradúe, Celestia, quien desea comprar un castillo en Europa, decide matar a Ishimaru y Yamada.
• El suicidio de Sakura, quien había estado infiltrada trabajando para Enoshima. La idea que la llevó al suicidio fue la de hacer que el resto del grupo se uniese y trabajasen en conjunto para conseguir escapar con vida.

Junko reveló que en el exterior solo existía Desesperación y destrucción, y que salir de la Academia no tenía ningún sentido. También revela que habían sido ellos mismos quienes habían colocado las placas de acero en las ventanas para evitar la Desesperación del exterior, pero que Junko se había aprovechado para crear este juego de asesinato mutuo.

Todos los estudiantes ante la realidad del exterior, empiezan a sentir la desesperación. Pero gracias a Naegi, quien no se da por vencido, consigue que el resto de estudiantes abandonen la Desesperación. En ese momento, Naegi recibe el título de Ultimate Hope (Estudiante Esperanzado Definitivo). Finalmente, Junko es la única ejecutada al no conseguir su propósito.

Una vez que salen al exterior, los supervivientes se unen a la Fundación del Futuro, la cual está destinada a expandir la Esperanza y acabar con la Desesperación.